Pada tahun 1959 Universitas dan Yayasan Pembina Jakarta Indonesia bergabung dengan Yayasan Ibn Kholdun untuk mendirikan Universitas Ibn Khaldun yang terdiri dari 7 (Tujuh) Fakultas berada di Jakarta dan 4 (Empat) Fakultas berada di Bogor.

Pada awal 1961 pengelolaan fakultas-fakultas dilimpahkan kepada Universitas Ibn Khaldun Bogor yang dibina oleh Yayasan Ibn Khaldun Bogor dengan Hak Otonomi dari dewan pendiri dan kemudian ditingkatkan menjadi Yayasan Ibn KHaldun Bogor dengan Akte Notaris Mohamad Adam No. 5 November 1974. Pada tahun 1994 tiga Fakultas Berbasis Ilmu Syar'i (Syari'ah, Tarbiyah dan Usluhuddin) bergabung menjadi Fakultas Agama Islam dengan Dekan pertama adalah K.H. Didin Hafidhuddin, Drs., M.S. dengan demikian Fakultas Agama Islam mulai berdiri secara resmi seperti namanya sekarang.

Pada saat ini Fakultas Agama Islam memiliki 8 program studi, yaitu:

1. Pendidikan Agama Islam
2. Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyyah
3. Hukum Keluarga Islam (d.h. Ahwal Al Syakhsyiyyah)
4. Ekonomi Syari'ah
5. Komunikasi Penyiaran Islam
6. Bimbingan Konseling Pendidikan Islam
7. Manajemen Haji dan Umrah
8. Ilmu Al-quran dan Tafsir

Seluruh program studi diatas telah TERAKREDITASI oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) sehingga menjadikan seluruh program studi di lingkungan Fakultas Agama Islam terakui secara sah, profesional, dan berkualitas.