Untuk meningkatkan kualitas dan melebarkan sayapnya, maka FAI melakukan kerjasama yang bersifat lokal, nasional regional, maupun internasional. Untuk ruang lingkup internasional, nasional dan lokal FAI menjalin kerjasama dengan beberapa lembaga diantaranya sekolah-sekolah, instansi pemerintah maupuan swasta, dan lain-lainnya.

Berikut daftar Kerjasama yang telah terjalin oleh Fakultas Agama Islam, Universitas Ibn Khaldun Bogor:

1. Rekapan Dokumentasi Kerjasama Keseluruhan FAI UIKA [ Dokumentasi Kerjasama FAI UIKA Bogor ]
2. Rekapan Dokumentasi Kerjasama Internasional FAI UIKA [ Dokumentasi Kerjasama Internasional ]
3. Rekapan Dokumentasi Kerjasama Nasional FAI UIKA [ Dokumentasi Kerjasama Nasional ]